清理工序是飼料加工設備使用中必不可少的重要部分，它是保證加工生產設備的正常運轉以及安全的生產和減少零部件磨損的重要工序，還要確保加工飼料的質量等等。清理工藝會會根據自身原料的實際狀況來進行改進設備中的清理工藝。  

飼料加工設備原料的清理工序主要目的主要是用于清理原料中的雜質，比如稻草、麥桿、玉米桿、麻繩、原料中含有的土塊、玉米葉、鐵釘、鐵塊、鐵渣等等，是為了保證飼料加工生產后的質量；在保護工藝中的后續設備的正常運轉中起到重要的作用，避免了設備發生故障后損壞。

首先是關于飼料加工設備之混合機的清理：混合機經過一段時間的使用之后會出現周圍機壁上有一層料渣的殘留，這個部位的清路需要在每天徹底結束工作的時候進行一次清理，在清理之前關閉電源，使用專門的工具進行清理。

其次是制粒系統的清理，需要深度清理的是制粒機、調制器和制粒室，因為原料中水分以及熱量等會是原料粘附在機器的容壁上，這個部位的清理需要每半個月進行一次。永磁筒的清理主要是除去磁性物質的，針對于原料中的鐵屑、鐵釘等，防止對設備造成不必要的危害，能夠及時的清理，一般的建議是在每班結束之后進行清理。

飼料加工設備中初清篩、分級篩等的清理，應該在每班的工作結束之后進行清理，不堵塞；料倉的清理的作用主要在于儲備原料，但是也需要定期的清理，具體要根據每一個料倉所儲存的原料的不一而選擇清理的方式以及時間。在每一次的投料結束以后將原料進行清理，整個投料口的清理是每天一次的清理，可以有效的保證機器的運轉正常。